Об увольнении из института Мосин рассказал на своей странице в Facebook.
«Вот и закончилась двухмесячная эпопея моего ухода из Миссионерского института. Напомню, с чего всё началось. 5 апреля, на следующий день после моего выступления в суде по «делу Соколовского», ректору Миссионерского института, в котором я тогда работал, позвонил епископ Евгений (Кульберг) и поинтересовался, чего ради сотрудники института защищают Соколовского. Ректор института Н. А. Дьячкова попросила у меня объяснений по этому вопросу. Я сказал, что таким образом исполнил свой гражданский и христианский долг, как я его понимаю, и иначе поступить не мог. Вернувшись домой, я узнал, что внесён в «чёрный список» Издательского отдела Екатеринбургской епархии. 6 апреля состоялся мой второй и последний серьёзный разговор с ректором. Наталья Александровна просила меня не участвовать в дальнейшем ни в каких либеральных (страшное слово!) акциях, не давать интервью СМИ», — пишет ученый.

Кадр из видеоролика с канала «Реальная история» на YouTube
По словам Мосина, после этого разговора он написал заявление об увольнении с открытой датой. Впоследствии он два месяца спокойно проработал в институте, а 7 июня ему сообщили, что заявление подписано, и он уволен.
Алексей Мосин был одним из свидетелей защиты на суде по делу блогера Руслана Соколовского, осужденного за оскорбление чувств верующих.
В Миссионерском институте Мосин заведовал кафедрой истории, преподавал методику научного исследования, историю старообрядчества и русскую генеалогию.