Данные протоколов голосования, полученные на избирательных участках, не совпадают с данными, занесенными в систему ГАС «Выборы». Если верить наблюдателям, во многих случаях кандидату Путину приписаны лишние голоса — от нескольких десятков до нескольких сотен.
Копии протоколов с избирательных участков выложены в блоге Георгия Албурова. На многих из них есть печати и подписи избирательных комиссий. Если сравнить цифры, вписанные в протоколы, с цифрами, опубликованными на официальном сайте ЦИК, то можно обнаружить, что во всех случаях кандидату Путину начислено больше голосов, чем занесено в протокол.
Например, в протоколе с участка № 820 (Санкт-Петербург) у Путина 575 голосов, а в сводной таблице избиркома — 651 голос, то есть на 76 больше. На другом петербургском участке (№ 1297) разница составила целых 430 голосов.
По мнению многих экспертов и наблюдателей, манипуляции с подсчетом и протоколами — один из самых эффективных способов фальсификации. Расхождения между протоколами и данными ЦИК могут свидетельствовать о том, что данный способ применялся и на этот раз.