Президиум ЦК КПРФ включил в федеральную тройку наряду с лидером партии Геннадием Зюгановым и академиком Жоресом Алферовым агрария Николая Харитонова, который замыкал предвыборную тройку на парламентских выборах в 2003 году. После длительного обсуждения члены президиума все же предпочли Харитонова зампреду партии Ивану Мельникову и космонавту Светлане Савицкой, пользующимся наибольшей популярностью у партийцев.
Как отмечает «Газета.ру», без претензий на оригинальность руководство партии фактически повторило федеральную тройку коммунистов на выборах в парламент 2003 года с той лишь разницей, что в середине тогда шел экс-губернатор Краснодарского края Николай Кондратенко.
На президиуме на роль третьего обсуждался список из пяти кандидатур: зампреда компартии Ивана Мельникова, космонавта Светланы Савицкой, бывшего кандидата в президенты Николая Харитонова и депутатов Госдумы Виктора Илюхина и Владимира Кашина. Эти фамилии были оглашены руководством компартии задолго до проведения съезда. Их отбор был произведен путем внутрипартийного голосования, проходившего в течение летних месяцев на региональных конференциях. Больше всех шансов на попадание третьим номером в тройку было у Мельникова и Савицкой, они набрали наибольшее количество голосов однопартийцев после Зюганова и Алферова.
Однако руководство КПРФ посчитало, что дополнительные очки компартии на выборах принесет именно Харитонов, способный мобилизовать сельский электорат.
Мельников решением президиума утвержден главой регионального списка от Москвы, а летчик-космонавт Герой Советского Союза Савицкая — главой регионального списка от Санкт-Петербурга.